Seit Anfang 2025 hat sich bei Betriebsprüfungen einiges geändert. Viele Ärztinnen und Ärzte sind davon direkt betroffen – besonders, wenn sie neben ihrer Praxis noch weitere Tätigkeiten oder Gesellschaften betreiben. 
Seit 2025 gelten verschärfte Regeln für alle, bei denen das Finanzamt eine sogenannte „Außenprüfung“ anordnet – also eine Betriebsprüfung. Diese greifen unabhängig davon, auf welche Jahre sich die Prüfung bezieht.

Strenge Fristen, hohe Strafen

Dauert eine Prüfung länger als sechs Monate, darf das Finanzamt fehlende Unterlagen mit einer Frist von nur einem Monat anfordern. Wer dann nicht rechtzeitig liefert, riskiert empfindliche Strafen: 75 Euro Verzögerungsgeld pro Tag, bis max. 11.250 Euro. Bei größeren Gemeinschaftspraxen, Zusammenschlüssen oder MVZ ist sogar eine Bußgeld von bis zu 25.000 Euro pro Tag möglich. Es steht darüber hinaus im Ermessen der Finanzverwaltung, zusätzlich einen Zuschlag zum Mitwirkungsverzögerungsgeld festzusetzen. Daher gilt: Reagieren Sie schnell und vollständig, sobald Unterlagen angefordert werden.

Beispiel: Eine Prüferin fordert Ihre Geräteabschreibungsliste nach – und Sie reichen sie erst nach vier Wochen ein, weil Ihre Steuerberaterin im Urlaub ist. Diese Verzögerung kann das Finanzamt jetzt kostenpflichtig ahnden, selbst wenn am Ende alles korrekt war.

Pflicht zur Selbstkorrektur

Findet die Betriebsprüfung einen Fehler – z. B. bei der Abschreibung Ihrer Röntgenanlage oder bei den Reisekosten –, müssen Sie künftig selbst prüfen, ob dieser Fehler auch in späteren Jahren vorkommt. Selbst wenn diese Steuererklärungen bereits abgegeben und veranlagt wurden, sind Sie verpflichtet, sie eigenständig zu berichtigen. Tun Sie das nicht, kann das Finanzamt von einer leichtfertigen Steuerverkürzung oder sogar vorsätzlichen Steuerhinterziehung ausgehen. Diese Pflicht gilt für alle Steuern und/oder Steuervergütungen, die nach dem 31.12.2024 entstehen und für alle Prüfungen, die ab 1.1.2025 angeordnet wurden.

Prüfung vorzeitig beenden

Wenn eine Prüfung sich über viele Monate zieht, können Sie künftig Teilabschlussbescheide beantragen. Damit werden unstrittige Jahre oder Themen vorzeitig abgeschlossen. Der Vorteil: Sie wissen schneller, woran Sie sind und sparen mögliche Nachzahlungszinsen, die sonst bis zum Abschluss der gesamten Prüfung weiterlaufen würden.

Keine Einsicht nach Anzeige

Plötzlich steht eine Betriebsprüfung an und der Verdacht liegt nahe, dass jemand anonym „Hinweise“ gegeben hat? Der Bundesfinanzhof 1 (BFH) hat entschieden: Das Finanzamt muss Ihnen keine Auskunft darüber geben, was in einer anonymen Anzeige steht. Das bedeutet, Sie erfahren nicht, wer sie erstattet hat und Sie haben auch kein Recht auf Akteneinsicht. Wenn Sie den Verdacht einer falschen Anzeige haben, bleibt nur der Weg über eine Anzeige wegen Falschverdächtigung (§ 164 StGB), dann kann die Staatsanwaltschaft die Akten beiziehen für eigene Ermittlungen – aber dieser Schritt sollte anwaltlich erwogen werden.

Beispiel: Eine ehemalige Mitarbeiterin behauptet anonym, Sie würden Privatfahrten mit dem Praxisauto nicht versteuern. Auch wenn sich das als falsch herausstellt, erhalten Sie keine Information darüber, dass die Anzeige der Auslöser war.

E-Mails und elektronische Unterlagen werden geprüft

Ein anderes Urteil des BFH2 erlaubt es dem Finanzamt, auch E-Mails mit steuerlichem Bezug anzufordern. Das umfasst Preisverhandlungen mit Lieferanten, E-Mail-Bestellungen von Praxisbedarf und Vereinbarungen mit externen Dienstleistern. Nicht vorlegen müssen Sie private E-Mails und interne Kommunikation. Wichtig: Nur E-Mails, die Sie nach § 147 AO aufbewahren müssen, darf das Finanzamt verlangen. Das sogenannte „Gesamtjournal“, das alle Mails auflistet – auch private –, darf nicht eingesehen werden.

Praxis-Tipp: Richten Sie getrennte Postfächer oder Archivordner für geschäftliche und private E-Mails ein. So vermeiden Sie, dass persönliche Nachrichten versehentlich bei einer Prüfung offengelegt werden.

Richtsatzsammlungen und Eigenverbrauch 

Die sogenannten Richtsatzsammlungen nutzt die Finanzverwaltung, um Umsätze und Gewinne verschiedener Branchen miteinander zu vergleichen. Für Ärztinnen und Ärzte waren sie bisher selten relevant – das kann sich aber ändern. Worum geht es konkret? Wenn in der Praxis Sachentnahmen oder Eigenverbrauch vorkommen, kann das steuerlich relevant sein. Beispiele:

• Mitarbeitende bedienen sich regelmäßig an Praxisgetränken,
• Handschuhe oder Desinfektionsmittel werden privat genutzt,
• Ärztin oder Arzt nehmen selbst Praxisprodukte mit nach Hause.

Solche Entnahmen müssen versteuert werden – meist nach pauschalen Werten, die das Finanzministerium jährlich veröffentlicht. Wenn das Team also täglich gemeinsam frühstückt und die Lebensmittel über die Praxis laufen, kann der Prüfer oder die Prüferin verlangen, dass ein pauschaler Betrag als „Eigenverbrauch“ versteuert wird. Der BFH3 hat jedoch  Zweifel geäußert, ob diese Richtsätze überhaupt eine solide Grundlage für Schätzungen sind. Die Datenbasis sei zu ungenau, regionale Unterschiede würden kaum berücksichtigt. Fraglich ist, ob man damit auch die Pauschsätze für den Eigenverbrauch aushebeln könnte – und wie sich es dann bei der Lohnsteueraußenprüfung oder der Prüfung der Rentenversicherung verhält, die diese Sätze bei den Gehaltsabrechnungen prüft. Es könnten hohe Nachzahlungen an die Sozialversicherungen drohen.

Ein Praxis-Tipp zum Abschluss: Wenn ein Prüfer Richtsatzwerte als Vergleich ansetzt, sollten Sie mit Ihrem Steuerberater prüfen, ob die Methode im Einzelfall zulässig ist. 
 

Quellen: 1. Urteil des BFH vom 15.07.2025, IX R 25/24
2. Urteil des BFH vom 30. April 2025, XI R 15/23
3. Urteil des BFH vom 18. Juni 2025, X R 19/21